Святитель Алексий был сыном черниговского боярина Феодора Бяконта, поступившего на службу к Московскому кн. Даниилу Александровичу. Родился он в 1292 г. (по другим данным, в 1304 г.) в Москве и получил по крещении имя Елевферий. Будущий великий святитель рано обнаружил склонность к духовной и монашеской жизни. На двенадцатом году жизни Елевферий раскинул сети для ловли птиц и вдруг явственно услышал голос: «Алексий! Что напрасно трудишься? Ты будешь ловить людей». С этого дня отрок стал уединяться, часто посещать церковь, и в пятнадцать лет решился стать иноком. В 1320 г. он вступил в Московский Богоявленский монастырь, где принял постриг и имя Алексий. Его руководителями были замечательные подвижники этой обители — старец Геронтий и Стефан, брат преп. Сергия Радонежского.

Несколько лет спустя митрополит Феогност повелел Алексию оставить монастырь и заведовать судебными делами Церкви. Эту должность святой исполнял 12 лет со званием митрополичьего наместника. В конце 1350 г. владыка Феогност посвятил Алексия в епископа Владимирского, а по смерти митрополита он стал в 1354 г. его преемником. В то время Русская Церковь раздираема была великими распрями, в частности из-за претензий митрополита Литвы и Волыни Романа. Желая положить конец смутам, св. Алексий отправился в Константинополь к Вселенскому Патриарху. Патриарх Каллист посвятил его в архиепископа Киевского с титулом «всечестной митрополит и экзарх». В дальнейшем святителю пришлось принять участие в продолжительной и упорной церковно-политической борьбе, которая привела к прискорбному разделению Русской митрополии.

Несмотря на все смуты, святитель всячески заботился о своей пастве, о строительстве монастырей, о благоустройстве монашеской жизни. Им были устроены три монастыря в Москве (Чудов, Спасский Андроников, Алексеевский) и восстановлены две древние обители во Владимире и Нижнем Новгороде.

Когда скончался вел. кн. Иоанн Иоаннович, св. Алексий взял под свою опеку его малолетнего сына Димитрия (будущий св. Димитрий Донской). Святой владыка немало потрудился, чтобы примирить и смирить строптивых князей, не желавших признавать власть Москвы. Димитрий Донской первый из великих князей московских ясно и определенно заявил стремление к государственному единодержавию. Подъем и усиление Московского княжества за эти годы виден из того, что знаменитая Куликовская битва случилась на третий год после кончины святителя.

Скончался св. Алексий в глубокой старости, 12 февраля 1378 г., и погребен в Чудовом монастыре. Мощи его были обретены через 50 лет чудесным образом и хранятся в Богоявленском патриаршем соборе.